“十一五”期间，我校学科建设的总体方针是：突出重点，强化队伍，优化结构，发展新兴。力争通过5年的建设，形成3至5个在全国具有主导地位的优势一级学科和10个左右具有鲜明特色的新兴二级学科。

　　2006年是“十一五”的开局之年。1月6日，南开大学学科建设工作会议在主楼小礼堂开幕。会议总结了近年来我校的学科建设工作，制定了今后若干年的学科发展思路，出台了《南开大学“十一五”学科发展规划》。
　　会议提出，2006至2010年我校学科建设的总体方针是：“突出重点，强化队伍，优化结构，发展新兴”。总体目标是：巩固和加强重点学科建设，大力发展新兴、应用学科，扩大学科支撑体系；在生命科学、环境科学、信息科学、材料科学和社会应用学科中寻找新的增长点；以国家和天津市发展的重大领域为导向，着力发展与物流、循环经济、生物制药及农业等领域密切相关的新兴交叉学科。形成特色鲜明，层次清晰、基础与应用紧密结合的学科体系。积极建设一支有国际竞争力的学科队伍。争取在支柱学科的主流研究领域都有重要影响的学术带头人，适应学科发展的要求。力争通过5年的建设，形成3至5个在全国具有主导地位的优势一级学科和10个左右具有鲜明特色的新兴二级学科。
　　教育部“211工程”办公室、“985工程”办公室副主任郭新立应邀在大会开幕式上作了题为“高水平大学与重点学科建设”的报告。天津市教委副主任林炎生在会上致辞。校领导侯自新、张静、刘景泉、耿运琪出席开幕式，会议由副校长陈洪主持。学校校务委员会成员、学位评定委员会委员，各院系、机关各部处、学校直属机构党政负责人，以及师生代表总计400余人参加了会议。
　　侯自新在会上作了主题为“建设国际一流的南开大学学科体系”的大会报告。报告回顾了过去5年来学科建设的成就、经验和问题，分析了学科发展面临的机遇和挑战，对今后5年的学科发展提出了总体目标和要求。他强调，一流大学要有一流学科，学科建设是学校的龙头，“十一五”学科发展规划对学校发展具有重要的意义。
　　侯自新在报告中指出，我校已成为一个学科门类比较齐全、办学层次较高的研究型大学，特别是近5年来学科建设取得了长足进步。学位授权点数目增加和学科覆盖面扩大，学科专业的水平和质量有明显提高，学科布局调整取得明显成效，学科结构得到优化，学科队伍质量和水平都得到明显提高，学术研究平台和研究基地取得明显进展。总结以往经验，今后必须仍然坚持“求精、求强、注重特色”和“有所为，有所不为”的战略思想和工作方针，坚持“以人为本”，高度重视学科结构和布局的调整。
　　侯自新在报告中强调，必须清醒地认识到，按照建设国际知名高水平大学的目标要求，南开的学科体系还存在着许多需要发展和完善的地方，学科整体水平还有待于进一步提高。学科建设存在的主要问题包括：特色有待于进一步加强；发展不够平衡，若干重要学科存在相当大的危机；建设的重点领域和方向有待于进一步明确；学科发展的软环境有待于进一步改善；学科评价标准尚待完善，科学的评价体系尚未完全建立；学科建设管理体系有待于进一步完善。

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