时间进入21世纪的前5年———
　　南开大学获得10项中国三大科技奖，其中3年7项国家自然科学二等奖的纪录在全国科教界传为美谈。这所以文理见长的名校，上个世纪最后一次获得国家自然科学二等奖的垂青还是在1988年，由著名化学家杨石先和陈茹玉获得。
　　在哲学社会科学领域，南开大学“十五”期间共取得9719项成果，是“九五”的1.8倍，获得省部级以上奖励202项。在这5年里，中国经济学最高奖“孙冶方经济科学奖”有3次留下南开教师的名字。
　　2005年是竞争日趋激烈的“十五”最后一年，南开大学的成绩单令人耳目一新：全国前二的国家自然科学奖、前三的国家级教学成果奖、前三的全国优秀博士论文、前五的长江学者数量。
　　简单的数字对比，折射出一所历史名校正在演绎着的令人刮目相看的“变脸”故事。亲身经历了“211工程”给南开大学带来巨变的教师们深有感触地说：“如果没有‘211工程’，这一切根本不可想象。”
　　“十五”“211”
　　南开发展从有所为到有所不为
　　世纪之交，“把一个什么样的南开大学带入新世纪”，曾是所有南开人面临的首要课题。
　　1999年，全国高校开始调整、合并、扩招，在此前后，多所高校提出建设世界一流大学的宏图。这一年，也是南开大学建校第80个年头。在师生校友心中，“世界一流大学”是南开当仁不让的目标。受高校合并热潮的影响，很多人认为，全面发展是世界一流大学的必由之路。
　　当时，“这样的想法太‘热’了，但办学必须把眼光放长远，世界一流大学不能一蹴而就。”侯自新校长说，“适度扩大规模、挖掘教育资源是必要的，重要的前提是把质量放在第一位。”
　　“十五”期间，南开大学走的是“求精求强，注重特色”的道路。这一富有战略意义的思路，是在2003年学校第七次党代会上正式提出，现在已成为学校中长期发展战略。而这一思路，在《国家发展改革委员会关于南开大学“十五”“211工程”建设项目可行性研究报告的批复》中已经呼之欲出。根据这份文件，南开大学“十五”“211工程”的总体建设目标是：“以重点学科建设为核心……保持和发展学校特色，为把南开大学建设成为国内外知名的高水平大学，奠定全面而坚实的基础。”“教育质量”、“办学效益”等“关键词”在这里进一步得到强化。
　　学校领导班子将其称之为“内涵发展”：“我们的思路比较明确。南开从来都不是一个大学校，我们只能从内涵上寻求突破，以质取胜。”
　　在思考过程中，南开人始终抱着谨慎、务实的态度：80年校庆后，初步酝酿提出“内涵发展”；2000年，学校管理干部与学术骨干在反复讨论中提出“求精求强不求大”；2001年教师代表大会把发展规划和“211工程”相结合，形成“十五”“211”建设思路；2003年，这一思路通过党代会的讨论成为全校的共识。
　　“求精求强，注重特色”是南开大学近年成功发展的重要条件。著名数学家龙以明教授对这一思路深表赞赏，他说，南开不贪大求全，相信将对今后发展起到关键性作用。
　　“规模适度，结构合理，特色鲜明，国际知名”，南开大学从“十五”“211工程”开始了从“有所为”到“有所不为”的转身。
　　“十五”“211”
　　南开学科从加法到乘法由点亮到面
　　2004年，有“东方诺贝尔奖”之誉的“邵逸夫奖”揭晓首届6位获奖人，2000年起定居南开的数学大师陈省身先生是唯一来自中国高校的获奖者。
　　在陈省身的带领下，“十五”期间，仅有14名研究人员的南开数学研究所连续获得重要奖项，赢得了国内外数学界的高度称赞。张伟平和龙以明教授分别摘取2000年度和2004年度第三世界科学院数学奖———自1985年该奖设立以来，共有5位中国数学家登上这项国际数学大奖的领奖台。
　　龙以明和张伟平教授获邀在2002年国际数学家大会作45分钟大会报告。两人还先后获2004和2005年国家自然科学二等奖，第七和第九届中国数学会陈省身数学奖。数学所教授葛墨林2003年当选中科院院士。张伟平教授2001年当选第三世界科学院院士，还是迄今为止“长江学者成就奖”一等奖6位获得者之一。
　　除数学之外，“十五”期间南开大学获得的国家科技奖励还分布在化学、生物、物理、信息、环境等学科。
　　南开大学“十五”“211工程”以重点学科建设为核心，重点建设13个项目。学校在建设中不做加法做乘法，敢于削枝剪叶，加强学科布局结构调整和融合，进一步凝练方向，优化结构，汇聚队伍，带动相关学科特别是新兴交叉学科的发展，已形成若干高水平学科群，进而拉升了整体学科水平。
　　除传统优势学科继续领先之外，南开的一批新兴学科进入人们的视野，光学工程、微生物学、应用数学、环境科学、农药学和企业管理等进入国家重点学科行列，而工学、农学原本是南开传统上不具优势的领域。